1、重量不同：马芬蛋糕厚重，纸杯蛋糕轻盈。

2、外观不同：马芬蛋糕坚实，纸杯蛋糕精致。

3、制作材料不同：马芬蛋糕制作材料有低筋面粉120g、色拉油120g、泡打粉4g、可可粉10g、牛奶40g、鸡蛋2个、白糖120g、杏仁片适量。纸杯蛋糕制作材料有低粉96克、色拉油60ml、橘子水40ml、泡打粉5克、玉米淀粉8克、鸡蛋5个、白糖（蛋黄糊里）20克、白糖（蛋白里的）70克、动物性淡奶油200克。

4、口味不同：马芬蛋糕常加入坚果燕麦，纸杯蛋糕注重奶油的变化。