三菱空调运行灯闪烁故障的原因如下：

1、空调运行灯闪烁，可能是室内外机通信间出现了故障，可能因为外界某种强力的电磁干扰导致外机与内机之间出现了通讯故障，这个要看看空调主控板上面显示的故障代码进行检查。

2、还有电流过载也是引起的原因之一，因为电源电压过大，导致空调进行自我保护状态，所以就出现了运行一段时间停机，指示灯闪烁的现象出现。

3、制冷或者制热系统出现故障也是原因之一，制冷或者制热系统的故障导致空调运行一段时间后停机，指示灯闪烁的现象还是有的。