如果员工还在医疗期的，那么单位辞退员工是需要支付双倍经济补偿的赔偿金。如果是医疗期过了单位以员工不能胜任工作为理由辞退员工的话，只要支付解除劳动关系的经济补偿。
1、经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算;不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
2、劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。
3、月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。
4、法律依据：《劳动合同法》第 八十七条 用人单位违反本法规定解除或者终止劳动合同的，应当依照本法第四十七条规定的经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。