1、通过以下方法可以办理知识产权海关保护备案：
（一）注册为系统用户。为减少知识产权权利人申请时间和提高海关总署审核备案申请的效率，除特殊情况外，目前知识产权海关保护备案申请都应当通过“知识产权海关保护备案申请系统”提交。所以，备案申请人在提交备案申请前首先要注册为系统用户。系统用户应当以知识产权权利人的名义进行注册，填写必要的用户信息，以获取系统账号和密码；
（二）录入备案申请数据。注册用户登录备案申请系统后，在申请新备案窗口内填写申请备案的知识产权和其他相关信息；
（三）缴纳备案费。以银行转账或电汇方式将备案费（每项备案800元）汇入海关总署账户，汇款时必须在备注栏内注明权利授权号或备案申请编号；