煮熟的鹌鹑蛋可以直接放入可密封的保鲜袋或保鲜碗中，放到冰箱3-7度的冷藏室存储3天左右，如还需保存更久，可以将鹌鹑蛋剥壳后，加入盐等调味料煮制一下，利用其杀菌抑菌的作用延长其保鲜时间1个星期左右。

若是短时间内吃不完的熟鹌鹑蛋，则需要用保鲜袋装好，放入冰箱冷冻层存储，一般可放1个月左右，但并不建议这样放置，因为冷冻后的熟鹌鹑蛋，再次加热，其口感会大打折扣。鹌鹑蛋外表虽有蛋壳保护，但蛋壳表层有细小的缝隙，若接触到水分、细菌，很容易发生腐烂变质现象，通常需要将其清洗干净，擦干表面水分，放在底部有透气小孔的容器中，然后放入冰箱冷藏保存，而且摆放时需注意头大的向上，头小的一端向下，这样即使是炎热的夏天，生鹌鹑蛋也能保存1个月左右不变质。